La Commission est une organisation interdisciplinaire chargée d'assister le Premier ministre dans la direction et la gestion des activités intersectorielles, interprovinciales et multinationales afin de gérer et d'utiliser de manière efficace et durable les ressources en eau et les ressources connexes dans le bassin du Mékong, y compris Bassins du Mékong et du fleuve Se San - Srepok au Vietnam.
La Commission est chargée de rechercher et de proposer au Premier ministre des orientations et des mesures pour résoudre des problèmes importants, interdisciplinaires et multinationaux dans le bassin du Mékong, comprenant les bassins du Mékong et du fleuve Se San - Srepok au Vietnam.
En outre, elle assiste le Premier ministre dans la direction et la coordination des ministères, des secteurs, des localités, des organisations et partenaires internationaux, régionaux et nationaux et des personnes concernées dans le suivi, l'inspection et la supervision de la mise en œuvre des activités intersectorielles dans le bassin du Mékong.
La Commission surveille et supervise également la situation des ressources en eau, l'utilisation, la protection et le développement durable des ressources en eau et des ressources connexes afin d'assurer une utilisation équitable et rationnelle des ressources en eau du Mékong et de protéger les intérêts du Vietnam à travers un plan directeur, des travaux de coopération et de recherche scientifique et technologique, notamment concernant les projets sur le tronçon principal.