L’ensemble de données de plus de 1 000 génomes humains (VN1K) a été publié récemment par des scientifiques, le 22 juillet, dans la revue scientifique Nature Communications.
Selon le Dr Vo Sy Nam et le Pr Vu Ha Van, de l’Institut de recherche sur les mégadonnées (Big Data Institute) de l’Université VinUni, qui dirigent le projet, cette ressource constitue une base de référence génomique essentielle pour de nombreux travaux de recherches et applications génétiques liés au génome humain vietnamien.
Parmi ses applications figure notamment l’analyse de l’ADN destinée à identifier les soldats morts pour la Patrie.
À l’origine de cette initiative, le Pr Vu Ha Van rappelle qu’en juillet 2024, lorsque le gouvernement vietnamien a lancé le Projet de banque génétique des soldats morts pour la Patrie et de leurs proches, GeneStory, une entreprise dérivée (spin-off) issue du projet VN1K, cofondée par le Pr Vu Ha Van, le Dr Vo Sy Nam et plusieurs autres chercheurs, avec un investissement principal du groupe Vingroup, a été retenue comme partenaire pour participer à la constitution de cette banque de données génétiques.
Depuis le lancement, en avril 2026, de la campagne nationale de 500 jours et nuits consacrée à la recherche, au rapatriement et à l’identification des dépouilles des soldats morts pour la Patrie, l’entreprise a déjà recueilli plus de 100 000 échantillons biologiques, indique le Pr Vu Ha Van.
S’appuyant sur les données du projet VN1K, les chercheurs ont développé VinGenChip, une puce à ADN permettant de décoder efficacement les données génétiques des proches afin de les comparer à l’ADN extrait des dépouilles en vue d’établir l’identité des soldats morts pour la Patrie.
Cette puce détecte les variants génétiques caractéristiques des Vietnamiens avec une efficacité supérieure à celle des produits importés, tout en étant nettement moins coûteuse.
Aujourd’hui, la technologie de séquençage de nouvelle génération NGS-SNP, qui permet d’analyser simultanément un grand nombre de polymorphismes nucléotidiques (Single Nucleotide Polymorphisms – SNP) de l’ADN nucléaire, au lieu de se limiter à l’ADN mitochondrial comme auparavant, est désormais utilisée pour examiner des restes humains fortement dégradés.
Cette technologie permet également de déterminer les liens de parenté entre individus appartenant à des branches familiales éloignées, aussi bien par la lignée paternelle que maternelle.
Cependant, selon le Dr Vo Sy Nam, la technologie NGS-SNP rencontre néanmoins des difficultés lorsque les restes humains présentent de nombreuses ruptures de l’ADN dues à une dégradation avancée.
Les données VN1K permettent de pallier cette limite en fournissant la fréquence des variants génétiques lisibles sur le génome vietnamien et en identifiant les positions à forte valeur informative pour l'analyse des liens de parenté, tout en contribuant à la récupération partielle des positions manquantes.
Ainsi, même des restes humains dont les données génétiques sont partiellement perdues peuvent être comparés à une base de données génétiques des proches afin d'identifier les soldats tombés au combat avec une grande précision.
Plus précisément, les panels de tests génétiques fondés sur la technologie NGS-SNP sont actuellement conçus pour analyser plusieurs milliers, voire plusieurs dizaines de milliers de SNP répartis sur l’ensemble du génome à des fins d’identification.
Toutefois, en raison des conditions de sépulture et de la très longue durée d’inhumation des dépouilles au Vietnam, l’ADN est souvent si fortement dégradé qu’il n’est parfois possible d’analyser que quelques centaines de SNP.
Dans ce contexte, les données de référence issues du projet VN1K peuvent être utilisées pour prédire les positions génétiques illisibles, tout en fournissant les fréquences des variants observés aux positions effectivement séquencées.
Ces données contribuent à améliorer la précision des algorithmes de correspondance des données génétiques entre les dépouilles et leurs proches au sein de la population vietnamienne.
Par ailleurs, GeneStory a mis en place un laboratoire capable de réaliser des analyses génétiques à grande échelle. Le Vietnam compte actuellement plus de 175 000 soldats morts pour la Patrie dont les dépouilles n’ont toujours pas été retrouvées, ainsi que plus de 300 000 tombes demeurant sans identité.
« Le nombre de tests nécessaires pour les dépouilles des martyrs et de leurs proches se chiffre en millions, ce qui exige un laboratoire de grande envergure. C'est précisément l'infrastructure que nous pouvons fournir », souligne le Pr Vu Ha Van.
En un peu plus d’un mois après le début du déploiement du projet, GeneStory, en collaboration avec les autorités compétentes, a recueilli l’ADN de plus de 200 000 personnes et séquencé plus de 50 000 échantillons génétiques.
À partir de ces données, les chercheurs sont parvenus à identifier plus de 30 soldats morts pour la Patrie, alors que seuls un peu plus de 100 échantillons de dépouilles avaient été soumis à la comparaison génétique.
« Auparavant, il fallait analyser plusieurs dizaines, voire plusieurs centaines d’échantillons de restes humains pour n’identifier que quelques cas », explique le Dr Vo Sy Nam, ajoutant que l’enrichissement de la base de données génétiques des proches et les progrès des méthodes d’analyse ont permis d’améliorer considérablement le taux d’identification.
L’équipe de recherche espère que VN1K continuera de servir de socle à de nouvelles applications dans les domaines de la médecine de précision, de la médecine préventive et des soins de santé personnalisés, contribuant ainsi à rapprocher les avancées de la génétique de l’ensemble de la population vietnamienne.
